Für das Entwicklungsmanagement der HafenCity wurde 1997 die Gesellschaft für Hafen- und Standortentwicklung GHS (seit 2004 HafenCity Hamburg GmbH) gegründet. Sie verantwortet das "Sondervermögen Stadt und Hafen".
Die HafenCity Hamburg GmbH ist eine 100-prozentige Tochter der Freien und Hansestadt Hamburg. Sie entwickelt die HafenCity im Auftrag Hamburgs. Die HafenCity Hamburg GmbH verantwortet mittlerweile die Entwicklung und Koordination großer und heterogener Stadträume, die die gesamte Bandbreite einer komplexen, hoch ambitionierten und kooperativen Stadtentwicklung repräsentieren. Die HafenCity ist mit den Strategien und Lösungen, die in den vergangenen zwei Jahrzehnten entwickelt wurden, eine Art "Sprungbrett" für große Innovationsthemen, die in den neuen Zukunftsorten der inneren Stadt Hamburg-Billeboren, Grasbrook und Science City Hamburg Bahrenfeld-weiter gedacht und entwickelt werden können.
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